Türkiye'de üretilen hizmet köpeklerinde kalça displazisi ile ilişkili genetik markırların araştırılması

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Trakya Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, BİYOTEKNOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2020

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: SERTAÇ ATALAY

Danışman: SÜLEYMAN KÖK

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Gelişimsel ortopedik bir hastalık olan kalça displazisi, kalıtsal ve çevresel faktörlerin etkisi ile meydana gelir. Hem insanlarda hem de köpeklerde yaygın olarak görülmesine rağmen hastalığın genetik arka planı aydınlatılamamıştır. Köpek kalça displazisine (KKD) karşı, fenotipe dayanan seleksiyon programları uzun yıllarca uygulanmış olsa da istenilen başarı elde edilememiştir. Günümüzde, kalça displazisini erken teşhis edebilecek bir DNA testi geliştirmek için, hastalığa neden olan genetik lokuslar tespit edilmeye çalışılmaktadır. Bu araştırmada, KKD hastalığın gelişimi ile ilişkili olabilecek genetik varyasyonları tespit etmek için, bir vaka kontrol çalışması tasarlanmıştır. Türkiye'de hizmet köpeği olarak yetiştirilen, 53 adet Labrador Retriever (17 vaka, 36 kontrol), 63 adet Belçika Malinois (14 vaka, 49 kontrol) ve 56 adet Alman Çoban Köpeği (24 vaka ve 32 kontrol) araştırma kapsamına dahil edilmiştir. Moleküler genetik analizler yapılmak üzere, KKD hastalığının gelişimi ile ilişkili olabilecek 5 gen belirlenmiştir (CX3CR1, CHST3, OSTF1, IBSP, FGF12). Seçilen bu genlerden, CX3CR1 geninin 2. ekson ve 3' UTR bölgeleri DNA dizi analizi metodu ile araştırılarak varyasyonlar tespit edilmiştir. Diğer genler üzerinde ise, KKD gelişimi ile ilişkili olduğu, daha önce farklı araştırmacılar tarafından rapor edilmiş olan 5 adet TNP (CHST3 geni 5ꞌ UTR'de rs24076746 ve 3ꞌ UTR'de rs24105396, OSFT1 geni 4. intronda rs8995004, IBSP geni 3. intronda rs23759713 ve FGF12 geni 3. intronda rs851690466) RFLP metodu ile araştırılmıştır. Haplotiplerin belirlenmesi, miRNA bağlanma bölgelerinin tespit edilmesi ve TNP-TNP etkileşimlerinin KKD hastalığının gelişimi üzerine etkileri, biyoinformatik metotlar ile araştırılmıştır. Ki-kare değerleri, olabilirlik oranı (OR) ve %95 güven aralığı (GA) lojistik regresyon analizi ile hesaplanmıştır. CX3CR1 geninin 2. ekson bölgesinde varyasyon bulunamamıştır, 3' UTR bölgesinde ise 8 varyasyon (6 TNP, 1 insersiyon, 1 delesyon) tespit edilmiştir. Yapılan istatistiksel değerlendirmeler sonucunda, rs9022770 G>A ve rs9022769 G>A TNP'lerinin Belçika Malinois ırkı köpeklerde KKD gelişimi ile ilişkili (p A TNP'si için A allelinin, p=0,002 anlamlılık düzeyinde patojen allel olduğu (OR=13,091, %95 GA=2,474-69,264) belirlenmiştir. rs9022769 G>A TNP'si için ise G allelinin p=0,011 anlamlılık düzeyinde patojen allel olduğu (OR=3,333, %95 GA=1,279-8,688) hesaplanmıştır. CX3CR1 rs9022769/rs852431030 TNP'lerinin oluşturduğu GT haplotipinin, p=0,022 anlamlılık düzeyinde patojen haplotip olduğu (OR=6,222, %95 GA=1,280-30,243) belirlenmiştir. Araştırılan diğer köpek ırklarında, oluşan haplotipler ile KKD gelişimi arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki tespit edilememiştir. Önceki araştırmacıların, KKD gelişimi ile ilişkili olduğunu rapor ettikleri 5 TNP'den sadece bir tanesi, IBSP geni 3. introndaki rs23759713 C>T TNP'si, Alman Çoban Köpeklerinde KKD gelişimi ile ilişkili bulunarak desteklenmiştir. rs23759713-T allelinin p=0,026 anlamlılık düzeyinde koruyucu allel olduğu (OR=0,207, %95 GA=0,048-0,891) belirlenmiştir. Diğer 4 TNP'nin (rs24076746, rs24105396, rs8995004, rs851690466) KKD gelişimi ile ilişkisi bulunamamıştır. Araştırmamız sonucunda, KKD gelişimi ile ilişkili olduğunu bulduğumuz CX3CR1 geninin 3' UTR polimorfizmlerinin (rs9022770, rs9022769), farklı köpek popülasyonlarında da çalışılıp doğrulandıktan sonra, KKD hastalığına karşı uygulanacak markör destekli seleksiyon (MAS) programlarına katkı sağlayacağını düşünmekteyiz. IBSP geni 3. intronundaki rs23759713 TNP'sinin ise KKD gelişimi ile ilişkisi çalışmamızda da desteklenmiştir. Araştırmamız, hem KKD hastalığın genetik arka planını aydınlatmak için, hem de MAS çalışmaları için faydalı olabilecek veriler sunmaktadır.