Mikrobakteri türlerinin moleküler metotla belirlenmesi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Trakya Üniversitesi, SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, MİKROBİYOLOJİ VE KLİNİK MİKROBİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2004
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: HAKAN KUNDURACILAR
Danışman: FİLİZ AKATA
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:ÖZET Isı şok proteinleri, ısıdaki ani artış veya diğer çevresel strese karşı cevapta sentezlenen proteinlerdir. Bilinen tüm mikobakteri türlerinde olan 65 kDa ısı şok protein'in hsp65 genindeki dizilim farkları hem yavaş hem de hızlı üreyen mikobakteri türlerinin saptanmasında kullanılabilmektedir. hsp65 genin Polimeraz Zincir Reaksiyonu - Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) analizi metodu bütün mikobakteriler için ortak olan primerler kullanılarak elde edilen PCR ürününün restriksiyon enzim analizine dayanır. Bu metot sıvı besiyerinde üreyen kültürlere uygulanabilmekte ve bir günde sonuçlanmaktadır, mikobakterileri tür düzeyinde identifiye etmek için standart bir yöntemdir, hibridizasyon, radyoaktivite gerektirmez. Bu araştırmada Kord faktör ve NAP testi ile Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTK) ve Mycobacteria Other Than Tuberculosis (MOTT) tanısı konmuş mikobakterilerin PCR-RFLP analizi metodu kullanılarak doğrulanması ve aynı zamanda MOTT olarak kabul edilen türlerin identifikasyonu amaçlanmıştır. NAP testiyle 3-5 günde sonuç alınırken, bu metotla 1 günde sonuç alınabilmiştir. Kord faktör ve NAP testi ile MTK olarak isimlendirilen 10 köken PCR-RFLP metoduyla'da MTK olarak kabul edildi. MOTT olarak kabul edilen 14 köken ise kullandığımız moleküler metotla PCR ürününün kesilmesi ile ortaya çıkan bantların değerlendirilmesiyle Mycobacterium türleri olarak identifiye edildi. Bunlar: 3 köken M. intracellulars tip I, 2 köken M.phlei, 2 köken M.kansasii ve Yer köken de M.fortuitum tip I, M.gordonae tip I, M.abscessus tip I, M.scrofulaceum, M.szulgai tip I, M.avium tip II, M.terrae olarak bulundu. 47PCR-RFLP; çok hızlı (24 saat), mikobakterilerin tür düzeyinde tam identifikasyonunu yapabildiğinden rutinde kullanılacak bir metot olarak kabul edilebilir. Anahtar kelimeler: Mycobacteria, PCR-RFLP, hsp65. 48