Üçlü Negatif Sporadik Meme Kanserinde Eksozomal Uzun Kodlanmayan RNA'ların Biyobelirteç Olarak Araştırılması
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Trakya Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, BİYOTEKNOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2025
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: HAZAL SEZGİNER GÜLER
Danışman: SİNEM YALÇINTEPE, HAKAN GÜRKAN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Üçlü negatif meme kanseri moleküler olarak oldukça karmaşık bir alt yapıya sahiptir, moleküler bazlı sınıflandırmada ER/PR ve HER2 ekspresyonu yoktur ve invaziv meme kanserlerinin %18-21'sini oluşturur. Eksozomlar, meme kanseri hücreleri dahil tüm hücre tipleri tarafından salınan, hücre dışı veziküllerdir. Lipid kompozisyonları ve taşıdıkları vezikül içeriklerine göre diğer hücre dışı veziküllerden ayrılırlar. Vezikül içerikleri protein, lipid, metabolit, DNA, mRNA, kodlanmayan RNA'lardan oluşur. Eksozomlar, yüzeylerinde veya veziküler uzun kodlanmayan RNA'lar yoluyla tümör progresyonuna ve metastazına olanak sağlamakta ve tümörle ilişkili sinyal moleküllerinin transferine aracılık etmektedirler. Bu nedenle kanser ile ilgili çalışmalarda, tanı ve progresyonda potansiyel biyobelirteçlerdir. Çalışmamız kapsamında HOTAIR, NEAT1, MALAT 1, AFAP1-AS1, ANRIL, HULC uzun kodlanmayan RNA'ların biyobelirteç potansiyelleri araştırıldı. Trakya Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbı Genetik, Genel Cerrahi, , Radyoloji ve Tıbbi Onkoloji Anabilim Dallarına ailesel olmayan üçlü negatif meme kanseri tanısı ile gelen hastalardan tümör dokusu ve periferik kan örneği alındı. Çalışmamızda yer alan 62 adet TNBC tanısı almış hastanın ise sadece 21 (%33,87) sporadiktir. RNA izolasyon aşamalarından sonra uygun yöntemler ile komplementer DNA (cDNA)'ya Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile dönüştürüldü. Real Time PCR ile lncRNA'ların gen ekspresyonları incelendi ve uygun program seçilerek istatistiki analizleri yapıldı. Çalışmadan elde edilen veriler *SPSS 20.0 (lisans:10240642) programında Mann-Whitney U ve Wilcoxon W testleri (Bonferroni düzeltmesi p<0,001) ile değerlendirildi. Hasta ve kontrol grubu arasındaki değerlendirmede HOTAIR, HULC, ANRIL, NEAT1, AFAP1_AS1, MALAT1 uzun kodlanmayan RNA'ların gen ifadesi açısından anlamlı olduğu saptandı. Hasta grubunda yer alan bireylerin doku ve serumdaki HOTAIR, HULC, ANRIL, AFAP1_AS1 gen ifadelerinin kontrol grubuna göre daha az (downregüle) olduğu; NEAT1, ve MALAT1 'de ise daha fazla (upregüle) olduğu tespit edildi. Ayrıca HOTAIR, HULC, ANRIL'in biyobelirteç niteliği taşıdığı ve hastadan invaziv girişim yapmadan serumdan elde edilen eksozomal RNA örneği ile çalışılabileceğini düşünmekteyiz.