Periferal hipotoni tanılı çocuk hastalarda genetik etiyolojinin yeni nesil dizi analizi yöntemi ile araştırılarak, fenotip-genotip ilişkisinin belirlenmesi
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Trakya Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, BİYOTEKNOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2020
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: DAMLA EKER
Danışman: HAKAN GÜRKAN
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Hipotoni, beyin, beyin sapı, spinal kord, motor nöronlar, ön boynuz hücreleri, periferik sinirler ve kaslarda nörolojik fonksiyon bozukluğu sonucu ortaya çıkan nörolojik bir bulgudur. Üst ve alt ekstremitelerde, gövdede ya da kraniyofasiyal iskelet kaslarında azalan tonusu ifade etmek için yaygın olarak kullanılmaktadır. Hipotonik olguların %60 kadarını genetik-metabolik etiyolojilerin oluşturduğu ve bunların önemli bir bölümünün genetik hastalıklardan kaynaklandığı bildirilmiştir. Tüm hipotonik olguların %15-30'unu oluşturan periferal hipotoni olgularında genetik sonuçlar ile klinik bulgular desteklenebilse de tüm olgularda fenotip-genotip ilişkisi kurulamamaktadır. Çalışmamızın amacı, konvansiyonel sitogenetik, moleküler sitogenetik ve Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification yöntemleri uygulanarak tanı konulamayan periferal hipotoni olgularında, periferal hipotoni ile ilişkili olduğu düşünülen genleri içeren, özgün tasarlanmış çoklu gen paneli (ACTA1, CCDC78, DYNC1H1, GARS, RYR1, COL6A1, COL6A2, COL6A3, FKRP, FKTN, IGHMBP2, LMNA, LAMA2, LARGE1, MTM1, NEM, POMGnT1, POMT1, POMT2, SEPN1) kullanılarak yeni nesil dizi analizi (NGS) teknolojisiyle genetik etiyolojinin araştırılmasıdır. Çalışmaya Trakya Üniversitesi Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi Çocuk Nöroloji Bilim Dalı Polikliniğinden hipotoni ön tanısı ile Tıbbi Genetik Anabilim Dalı Genetik Hastalıklar Tanı Merkezine yönlendirilen, klasik sitogenetik ve moleküler yöntemler ile nedeni açıklanamayan, periferal hipotoniye sahip 18 hasta (6 ay ile 7 yaş arasında) dahil edildi. Çalışmamızda 18 hastanın 11'inde (%61) on üç varyant saptandı. Bu varyantlardan ikisi LAMA2, biri COL6A2, üçü COL6A3, üçü RYR1, biri POMT1 ve üçü POMGnT1 genlerinde yer almaktadır. ACMG-2015 kriterlerine göre on üç varyantın ikisi patojenik, üçü muhtemel patojenik, sekizi klinik önemi belirsiz varyant olarak değerlendirildi. Nedeni açıklanamayan periferal hipotoniye sahip bir hastamızda POMGnT1 geninde homozigot, c.1649G>A, p.(Ser550Asn) varyasyonu saptandı. Bu varyasyon literatürde Kas-Göz-Beyin (MEB) Hastalıkları fenotipi ile ilişkilendirilmiştir. Hastamıza ait fizik muayene bulguları ve görüntüleme sonuçları incelendiğinde, hastanın kliniğinin MEB fenotipi ile uyumlu olduğu görüldü. Diğer bir hastamızda ise RYR1 geninde daha önce literatürde ve açık erişimli veri tabanlarında rapor edilmeyen, "klinik önemi belirsiz" olarak sınıflandırılan yeni bir varyasyon saptandı. Ülkemizde hipotonik olguların belirli algoritmalar kullanılarak tanımlanmasına yönelik farklı çalışmalar olmakla birlikte, nedeni açıklanamayan periferal hipotoni olgularının NGS yöntemiyle genetik etiyolojisinin araştırılmasına yönelik bir başka çalışma literatürde bildirilmemiştir. Özgün tasarlanmış gen paneli ile nedeni açıklanamayan periferal hipotoniye sahip on sekiz hastamızın birinde tespit edilen varyasyon, hastanın fenotipi ile uyumlu olarak saptandı. Bu sonuçlara göre, periferal hipotoni etiyolojisinde özgün tasarlanmış gen panelinin klinik tanıya katkı oranı % 5,5'tir. Sonuç olarak, hedefe yönelik tasarlanmış çoklu gen panelinin daha uzun zaman dilimi içerisinde, örneklem büyüklüğünün arttırılarak NGS yöntemi ile çalışılması durumunda, klinik tanıya önemli katkılar sağlayacağı öngörüsündeyiz.