Polikistik böbrek hastalığında PKD1 gen varyasyonlarının RNA düzeyinde analizi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Trakya Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, BİYOTEKNOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: MUHAMEDSEMI MEMEDI
Danışman: SELMA DEMİR
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Polikistik böbrek hastalığı, en sık karşılaşılan kalıtsal böbrek hastalığıdır. Böbrek kistlerinin ilerleyerek büyümesi, böbrek yetmezliği ve hipertansiyon ile seyreden 500 ila 1000 doğumda bir görülen genetik bir hastalıktır. Polikistik böbrek hastalığı yenidoğanlardan yaşlılığa kadar uzanır ve bu hastalıkta böbrekte çok sayıda kist oluşur. Oluşan kistler, giderek büyüyerek sonunda böbreğin tamamen kistlerden oluşmasına ve işlevini yerine getirmemesine neden olur. Polikistik böbrek hastalığının takribi %85'i PKD1 (Polisistin1) gen bölgesiyle ilişkilidir. PKD1 geninin mutasyonlar açısından değerlendirilmesi bazı yöntemsel zorluklar barındırmaktadır. Genin 1 ile 32. ekzonları arasında kalan bölgesi, asıl gene 13-16 mb mesafede altı defa tekrarlandığı bir segmental duplike bölgenin içinde yer almaktadır. Bu bölgenin analizinde PKD1'e özgü olan geniş alanı kapsayan Uzun-Menzilli Polimeraz Zincir Reaksiyonu (long-range PCR, LR-PCR) kullanılarak yanlış pozitiflikten kaçınılmaya çalışılmaktadır. Tez çalışmamız kapsamında, PKD1 geninin DNA düzeyinde analizinde segmental duplikasyonlar nedeniyle yaşanan zorlukların aşılmasında, RNA'dan elde edilen cDNA'nın dizilenmesi ile PKD1 mutasyonlarının belirlenebilirliğini değerlendirmek amaçlanmıştır. Bu amaçla, Trakya Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı Genetik Hastalıklar Değerlendirme Merkezi polikliniğine polikistik böbrek hastalığı ön tanısı ile gelen hastalardan aralarında akrabalık bağı olmayan 24 olgudan, PKD1 geninde patojenik/olası patojenik varyasyon bulunan 9 olgu belirlenmiş ve bu dokuz olgudan altısında, DNA düzeyinde belirlenen varyasyonlar RNA düzeyinde incelenmiştir. Çalışmamızda ayrıca PKD1 geni tarafından kodlanan RNA'nın iki farklı bölgesinin periferik kandaki gen ifade düzeyleri 6 olgu ve 10 kontrolde Gerçek Zamanlı Kantitatif Ters Tranksriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile incelenmiştir. Tez çalışmamız kapsamında beş olguda, daha önce DNA düzeyinde belirlenen varyasyonlar RNA düzeyinde doğrulanmıştır. Çalışmaya dahil edilen olgularda belirlenen altı varyasyondan üçü (%50) çalışmamızın yapıldığı tarihte literatürde ve veritabanlarında yer almayan novel varyasyonlardı. Olgu serimizde yer alan novel NM_001009944(PKD1): c.2853+2_2853+10del kırpılma bölgesi varyasyonunun PKD1 geninde kanonik kırpılma bölgesinin kaybı sonrasında, ilgili patojenik varyasyonun yukarı akış kısmında yer alan ekzonik bir AG dizisinin yeni kırpılma bölgesi olarak algılanmasına yol açtığı görülmüştür. PKD1 geninin periferik kandaki gen ifade düzeyi analizlerinde ise, genel olarak olgularda daha düşük ekspresyon görülme eğilimine karşın olgu ve kontroller arasında istatistiksel anlamlı bir ekspresyon farklılığı saptanmamıştır. Çalışmamızda RNA'dan Sanger dizi analizlerinde, düşük düzeyde olmakla birlikte, segmental duplike bölgeler içerisinde kalan PKD1 bölgelerinin gen dizilerini de kısmi olarak barındırdığı görülmüştür. Gerçek Zamanlı Kantitatif Ters Tranksriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu sonuçlarımıza göre olgu ve kontroller arasında anlamlı ekspresyon farklılığı gözlenmemiştir. Çalışmamıza dahil edilen olgu ve kontrol sayılarının az olması kısıtlılık oluşturmakla birlikte, bulgularımız, RNA ile yapılacak fonksiyonel analizlerin yeni kırpılma bölgesi varyasyonlarının gen ekspresyonu düzeyindeki etkilerinin belirlenmesindeki önemine işaret etmektedir. Buna karşın, PKD1 gen ekspresyonunun kanda düşük düzeyde olması ve segmental duplike bölgelere ait piklerin de izlenmesi, polikistik böbrek hastalığı olgularında periferik kandan izole edilen RNA'ya dayalı analizin, tek başına, tanısal olarak, uzun menzilli DNA dizi analizi yaklaşımına alternatif oluşturamayacağını göstermektedir.